水戸市少年自然の家には，管理棟，宿泊棟，食堂棟，創作のやかた，多目的ホール，飯ごう場などの施設があります。
創作のやかた
A，B，Cのフローリングの3コーナーがあります。また、各コーナーの床にはいろり式のガスコンロが仕組まれており、全部で33か所で調理することができます。うどん作り、笠間焼はここで行います。雨天時，飯ごう場でカレーづくりができない時，こちらでカレーづくりや鉄板焼きをつくることができます。また，アロマキャンドル作りや雨天時，焼き杉板体験もできます。
多目的ホール
各種スポーツ、レクリエーションのほか、雨の日でも室内営火場としてキャンプファイヤー(動画)を行うことができます。スポーツの場合、バドミントンやバレーボールならば2面、バスケットボールならば1面のコートを取ることができます。また，卓球台や綱引き用の綱，二人三脚用のベルトもあります。
飯ごう場
A，B，C，Dの4つの調理場があります。30脚のテーブルがあります。
調理場A(かまど6) 調理場B(かまど11，ピザ用3)
調理場C(かまど9) 調理場D(かまど10)
キャンプ場
テントを30張ることができます。ドーム型の貸しテントもあります。
グランド
レクリエーションやミニサッカーなどを行うことができます。スポーツ少年団や部活動などでも利用できます（一部不整形な部分があります）。
池
２０１８年に少年自然の家に池が復活しました。金魚がたくさん泳いでいて、ベンチに座りながらゆっくり観察することができます。
駐車場
管理棟前の駐車場10台分（身体障がい者用１台分含む）に加え、新たにグランドの一部に30台分の駐車場を整備しました。
